Sebagian masyarakat Indonesia masih mempercayai akan cerita mitos atau legenda terbentuknya sebuah nama daerah. Tak terkecuali mitos yang beredar tentang asal nama Raja Ampat. Meski berbagai daerah di ujung timur Indonesia ini memiliki cerita yang berbeda tentang asal nama Raja Ampat, namun ada juga beberapa yang sama.
Meski tak ada catatan pasti tentang sejarah asal usul nama Raja Ampat, namun menurut mitos yang beredar nama ini berasal dari keempat raja yang konon dahulunya menguasai area kepulauan Raja Ampat. Cerita menyebutkan bahwa dulunya kawasan Raja Ampat masuk dalam area kekuasaan Kesultanan Tidore.
Saat itu dibentuklah empat pimpinan pulau besar yaitu Waigeo, Salawati, Batanta dan Misool yang masing-masing memiliki pimpinan. Maka selanjutnya keempat raja inilah yang menjadikan nama Raja Ampat. Ampat juga merupakan bahasa lain dari empat.
Cerita lain tentang asal nama Raja Ampat juga menjelaskan bahwa nama tersebut berasal dari seorang putri atau wanita yang menemukan tujuh telur. Telur tersebut lalu dibawa pulang menggunakan noken dan disimpan di dalam kamar. Saat malam hari sang wanita merasa kaget karena mendengar suara bisikan dari dalam kamar.
Setelah dilihat ternyata lima dari tujuh telur tersebut telah berubah menjadi empat orang pangeran dan satu orang putri. Semuanya mengenakan pakaian layaknya keluarga kerajaan. Sedangkan tiga butir telur lainnya berubah menjadi hantu dan batu.
Menurut cerita yang beredar keempat nama pangeran tersebut adalah War menjadi Raja di Waigeo, Betani menjadi Raja di Salawati, Dohar menjadi Raja di Lilinta (Misool) dan Mohamad menjadi Raja di Waigama (Batanta).