Museum Sandi di Jogja adalah satu-satunya museum di dunia yang memiliki koleksi benda-benda yang berkaitan dengan pesan rahasia. Museum Sandi Jogja didirikan atas prakarsa Lembaga Sandi Negara dengan Gubernur Yogyakarta.
Koleksi-koleksi di Museum Sandi di antaranya adalah buku kode sandi, telegraf, hingga berbagai mesin sandi. Mesin-mesin itu dulunya digunakan untuk mengirimkan sinyal penyerangan tanpa terdeteksi. Dengan mesin tersebut, pejuang kita berhasil merebut kembali daerah yang dikuasai penjajah.
Selain peralatan pengirim sandi, Museum Sandi Jogja juga memiliki koleksi dokumen sandi, gambar serta diorama. Tak hanya itu, di museum ini juga terdapat sepeda onthel tua yang pernah digunakan kurir untuk mengirimkan pesan.
Selain berbagai koleksi di atas, Museum Sandi Jogja juga memiliki fasilitas multimedia di mana pengunjung akan diajak untuk memecahkan kode dan sistem sandi.
Selama berada di Museum Sandi, pengunjung akan dipandu oleh petugas museum yang memberikan penjelasan berbagai hal tentang koleksi di museum.
Museum Sandi terletak di Jalan Faridan M. Noto, No. 21, Kotabaru, Gondokusuman, Kota Yogyakarta.