Sejak tahun 1960-an, hubungan diplomatik antara Malaysia dan Indonesia memang mengalami pasang surut. Tidak banyak yang tahu, alasan kenapa Malaysia benci Indonesia adalah karena luka lama masa lalu. Dua negara yang bertetangga ini pernah terlibat konforntasi yang menyulut terjadinya perang besar pada tahun 1962 sampai 1966 di Pulau Kalimantan.
Pada abad ke-18 Masehi, tanah Malaya dikuasi oleh Kerajaan Inggris Raya. Kemudian, 8 Februari 1986, Inggris memutuskan memerdekakan Malaysia. Tahun 1961, atas dorongan dari Inggris, Malaysia memiliki rencana untuk membentuk Negara Federasi Malaysia yang terbentuk atas Sabah, Sarawak, Brunei, dan Singapura. Indonesia dan Filipina menentang rencana itu.
Baca juga: Malaysia Iri dengan Bahasa Indonesia, Kenapa?
Soekarno berpendapat, Negara Federasi Malaysia adalah neokolonialisme Inggris, ia khawatir nantinya akan digunakan sebagai pangkalan militer di Asia Tenggara sehingga dapat menganggu stabilitas dan kemanan nasional. Sedangkan, Filipina menolak karena Sabah yang akan menjadi bagian dari federasi merupakan milik Kesultanan Sulu yang disewakan kepada Inggris.
Mengatasi permasalahan ini, Indonesia mengadakan pertemuan di Tokyo, Jepang dengan Perdana Menteri Malaysia Tuanku Abdul Rahman pada 31 Mei 1963. Kemudian ditindaklanjuti melalui Konferensi Tingkat Menteri Luar Negeri di Manila, Filipina pada 7-11 Juni 1963. Hubungan Indonesia, Malaysia, dan Filipina kembali harmonis setelah mencapai kata sepakat.
Tiba-tiba Malysia melanggar Konferensi Manila karena menandatangani naskah pembentukan Negara Federasi Malaysia dengan Inggris. Masalah ini berlanjut ke tingkat PBB. Sekretaris Jenderal PBB pun membentuk tim penyelidik pada Agustus 1963. Penyelidikan PBB belum selesai, Malaysia justru memproklamirkan Negara Federasi Malaysia di 16 September 1963.
Baca juga: AS Siap Bantu Indonesia di Konflik Laut China Selatan
Indonesia dan Filipina murka, hubungan diplomatik terputus. Unjuk rasa besar-besaran terjadi di Malaysia dan Indonesia. Di Kuala Lumpur, mereka menyerbu kantor kedutaan RI dan membawa foto Soekarno dan lambang Garuda untuk dirobek serta diinjak-injak. Soekarno tersinggung Indonesia dipermalukan, 20 Januari 1964 Indonesia mengambil sikap bermusuhan.
Pada 3 Mei 1964, Soekarno mengumumkan perintah Dwi Komando Rakyat (Dwikora) yang berisi (1) Pertinggi ketahanan revolusi Indonesia; (2) Bantu perjuangan revolusioner rakyat Malaya, Singapura, Sarawak, dan Sabah untuk menghancurkan Malaysia. Di perbatasan Kalimantan yaitu Sarawak dan Sabah, kemudian di Selat Malaka, Indonesia dan Malaysia berperang.
Pertempuran terus berlangsung sengit, Januari 1965, Australia mengirim pasukan ke Kalimantan untuk membantu Malaysia. Sekitar 14.000 tentara Inggris dan Australia terlibat melawan Indonesia. Pada 1 Juli 1965, 5.000 pasukan Indonesia menyerbu Angkatan Laut Malaysia di Semporna hingga 8 September, namun gagal. Dikenal “Pengepungan 68 Hari” oleh Malaysia.
Filipina tidak turut terlibat pertempuran dengan Malaysia, namun tetap memutuskan hubungan diplomatik. Akhir 1965, setelah tragedi Gerakan 30 September, Jenderal Soeharto menjadi Presiden Indonesia. Perang dengan Malaysia pun mereda. Pada 28 Mei 1966 di konferensi Bangkok, Malaysia dan Indonesia mengumumkan menyelesaikan konflik antara kedua negara.
Baca juga: Negara Filipina Didirikan oleh Orang Minang Asli Indonesia
Sukarno sempat keberatan, namun karena tidak memegang pemerintahan secara efektif, ia tidak bisa berbuat banyak. Kekerasan berakhir bulan Juni, perjanjian perdamaian ditandatangani pada 11 Agustus, dan diresmikan dua hari kemudian. Kedua negara melakukan normalisasi hubungan. Dan pada akhirnya, Singapura dan Brunei keluar dari Negara Federasi Malaysia.