Goa Kiskendo terletak di Desa Jatimulyo, Kecamatan Girimulyo, Kabupaten Kulon Progo, Yogyakarta. Kompleks Goa Kiskendo berada diantara wilayah Yogyakarta dan Purworejo. Sisi luar Goa Kiskendo terdapat relief-relief yang menggambarkan kisah kuno Ramayana yang legendaris. Goa Kiskendo memiliki stalaktit dan stalakmit indah yang terbentuk secara alami oleh tetesan air dari perut bumi.
Ditemukan pertama kali tahun 1820, dan kemudian dibuka untuk umum pada 1964. Dinas Pariwisata Yogyakarta resmi mulai mengelola Goa Kiskendo pada tahun 1979. Goa Kiskendo pada awalnya merupakan destinasi wisata religi agama hindu.
Kepopuleran Goa Kiskendo berkaitan erat dengan kisah pewayangan jawa dalam epos Ramayana. Goa Kiskendo dipercaya sebagai lokasi bertarungnya seorang pendekar kera kembar bernama Subali-Sugriwa melawan raksasa sakti Mahesasura. Menurut cerita yang beredar, zaman dahulu di bumi terdapat seorang Raja dari Kerajaan Kiskendo berwujud manusia kerbau yang ingin mempersunting seorang bidadari jelita bernama Dewi Tara di Kahyangan.
Bersama dengan kedua patihnya Lembusura dan Jatasura, Mahesasuro berangkat menjemput Dewi Tara. Perjalanan Mahesasura dicegah setelah sampai di Goa Kiskenda oleh utusan Bathara Guru yaitu Bathara Sumbu dan dua kesatria kera kembar Subali-Sugriwa. Singkat cerita yang menghadapi Mahesasura di dalam Goa adalah Subali, sedangkan Sugriwa berjaga di sisi luar goa. Sebelum masuk Goa, Subali memberi pesan kepada Sugriwa jika terdapat air yang mengalir keluar goa bercampur darah putih maka dirinya telah gugur. Sebaliknya air yang mengalir keluar goa bercampur dengan darah merah maka Mahesasura yang telah tewas.
Setelah beberapa saat kemudian air yang mengalir keluar goa bercampur dengan darah merah dan putih, Sugriwa menganggap Subali dan Mahesasura telah mati dalam pertarungan. Dengan kesaktiannya Sugriwa menutup pintu Goa dan kembali ke Kahyangan. Ternyata Sugriwa salah, di dalam goa baik Subali maupun Mahesasura masih hidup. Saat Subali berhasil mengalahkan Mahesasura, Subali menggunakan ajian Kuku Pancasona miliknya untuk keluar goa.
Setelah keluar Subali mendatangi Sugriwa, karena kesalahpahaman ini mereka bertarung hingga menewaskan Sugriwa. Subali pun kemudian dijodohkan dengan Dewi Tara dan diangkat menjadi Raja Kera di Kerajaan Kiskendo menggantikan Mahesasura.
Goa Kiskendo memiliki sembilan situs pertapaan yaitu Pertapaan Tledek, Kusuman, Padasan, Santri Tani, Semelong, Lumbung Kampek, Selumbung, Seterbang, dan Sekandang. Diujung goa terdapat sungai dengan air yang jernih dan sejuk yang bermuara ke perut bumi. Mitos yang beredar air sungai ini dilarang untuk digunakan mandi.